故事发生在我国台湾。鱼仔（张雁名饰）为重金所诱惑，替人刺杀某议员，不料流弹击中警员阿狗（陈恩峰饰）的妻子美萍（白歆惠饰），其女佩佩（陈诗颖饰）受惊过度导制自闭，阿狗誓言緝拿凶手为妻报仇。四支被误为凶手遭警方击毙，但阿狗断定真凶另有其人。这天，鱼仔与阿狗不期而遇，并发现彼此竟是多年前的同乡，待他意识到鱼仔就是真凶时，鱼仔已泅水快速逃走。鱼仔诱拐了佩佩潜回久违的老家，年迈的父亲竟把佩佩看作多年前过世的女儿，令站在旁边的鱼仔泪盈双眼。女儿遭绑，生性暴戾的阿狗带鱼仔的妻小前往解救，经过一番良心的救赎，他们互换了人质......
《鱼狗》是鬼才导演邝盛首次独挑大梁执导的完整电影作品。影片讲述了一个警员阿狗和一个古惑仔鱼仔，因为2宗命案，及保护所爱的女人，扯上一段长达10多年的恩怨情仇。
天真乐观的小流氓鱼仔，深爱着怀了个宝宝的女友小幸，鱼仔打算大干一票，让妻小有好日子过，于是接受地方角头四支的委托，去刺杀一名议员，虽然任务成功，但流弹却不小心击中一名无辜妇女－阿狗的老婆美萍。阿狗是个基层员警，个性暴躁、颓废，当时正与美萍闹离婚，婚还没离成，老婆就被杀了，女儿佩佩也因惊吓过度变得自闭，因为这场意外让家庭遭逢变故，阿狗重新振作，他矢言答应女儿，一定会亲手逮到凶手。
警方在追缉过程中击毙了四支，并以为四支就是枪杀议员的凶手，认定这场枪杀案已告终结，但阿狗却认为真凶另有其人，他私下调查，查出整起枪击事件跟河岸沙洲的开发案有莫大的关联，于是深入沙洲寻找线索，另一方面，四支死了，鱼仔没拿到钱，只好成天在沙洲徘徊，期待有人接应。
这天，鱼仔与阿狗在沙洲相遇，因为一场大雨，两人被困在沙洲中央，一件致命的枪击案，让阿狗与鱼仔的生命再度连结，两人丝毫没有察觉彼此是凶手与警察，不过，他们却认出了对方是 20 年前的同乡。
20 年前，阿狗曾经做过一件对不起鱼仔的事，一件改变两人一辈子的事，深埋在心中的不堪记忆，又开始重新浮出记忆的水面，闲聊了一阵，阿狗猛然察觉鱼仔就是他正要逮捕的凶手，却因为不会游泳，眼睁睁的看着鱼仔逃走。阿狗循线在医院找到了小幸与刚出生的小孩，并拘禁了她们，为了营救妻小，鱼仔谎称是阿狗的远亲，把佩佩拐走，要求阿狗前往一个名为“鸟巢”的地方换人，鱼仔很会哄女生，佩佩全然不觉自己被诱拐，为了圆谎，鱼仔把佩佩带回睽违已久的老家，鱼仔的父亲竟把佩佩误认成 20 年前过世的女儿，往事历历，让鱼仔百感交集。
佩佩被绑，阿狗失去了冷静，他瞒着警方，带着鱼仔的妻小前往鸟巢，过程中，阿狗深刻感受到鱼仔保护家庭的决心，这让阿狗对自己的行为感到矛盾，几经波折，双方在鸟巢交换了人质，相约在家乡的海堤做最后了断。
来到相约之地，两人刻意淡忘的过去渐渐浮现，阿狗必须再重新面对这过去发生的情境，背负着罪恶感那么多年来，他是已经习惯了那种无能而再度犯错？还是他愿意突破这宿命的枷锁？鱼狗依旧在天空飞翔，在河岸沙洲觅食，寻找彼此、寻找意义…