《沙漠中的最后时日》讲述了由伊万·麦克格雷格饰演的耶稣在沙漠中斋戒40天，遭到恶魔蛊惑后，重新找回人性的故事，影片并非源自《圣经》，而是影片导演兼编剧罗德里格·加西亚想象出来的故事。值得一提的是，罗德里格·加西亚是已故文坛巨匠，《百年孤独》作者加西亚·马尔克斯的儿子，曾执导过口碑不俗的影片《雌雄莫辩》。
耶稣行走在沙漠中，一边停下来祈祷，一边询问上帝在哪里。他遇到了一位老妇人，他给她水，然后注意到她有一条蛇尾巴，她嘲笑他。
在整部电影中，撒旦向耶稣显现，采用了他的外表。他给耶稣水，但耶稣没有回应。最终，耶稣发现一个男孩在帐篷里照顾他的母亲。尽管男孩想去耶路撒冷，但他正在与父亲一起建造房屋供他居住。母亲快要死了，因为她无法进食。父亲给了耶稣食物，但他拒绝了，说他正在禁食。耶稣离开了，但很快又回来，与他们一起建造房子，而他则留在自己的帐篷里。撒旦冒充母亲，想让耶稣相信这个男孩是不忠的产物。
撒旦向耶稣透露，他可以看到未来，世界是历史的又一迭代，上帝总是在改变一些细节的同时再次尝试。撒旦透露，每当耶稣介入时，他都无法预测结果。耶稣问撒旦在上帝面前是什么感觉，撒旦解释了一种抽象的感觉，同时说上帝没有脸。后来，撒旦采用了裸体母亲的形象，并告诉耶稣他是软弱的。
这个男孩养成了发明谜语的兴趣，耶稣也很喜欢。他的父亲在悬崖上发现了一块红色岩石（可能是红宝石），并计划用绳索将男孩放下，而他和耶稣则抱着他，这样他就可以得到它。男孩拒绝了，父亲攻击了他。耶稣提出自己要下来，但父亲却这么做了，而耶稣和男孩则抱着他。父亲摔倒了，要求割断绳子，结果掉进了深渊。耶稣和男孩去寻找他，但他因伤重而死亡。
耶稣带着尸体回来了，这样母亲就可以最后一次见到她的丈夫了。耶稣和男孩后来发现尸体被烧毁。男孩得到了他父亲的一些骨灰，他的母亲告诉他离开她。男孩服从了，耶稣要求撒旦向他展示男孩的命运。耶稣在一碗水里看着它，微笑着。他试图治愈母亲，但她拒绝了。耶稣离开前往耶路撒冷。在路上，撒旦告诉他，他已经厌倦了走路，在他的最后时刻，他会向耶稣提供帮助。他告诉耶稣，当他看到上帝时，向他问好。
影片跳转到耶稣被钉十字架的场景。耶稣临死时，看到一只蜂鸟在他面前。然后使徒们埋葬了耶稣的尸体并留在他的坟墓外面。
如今，两名游客在耶稣走过的同一个沙漠里拍照。