故事以一連串女高中生離奇死亡的事件開始，深陽學園2年C組的女學生宮下藤花原來隱藏著「Boogiepop Phantom」的第二重人格，行為奇異，究竟宮下是否這些死亡事件的主谋？ 「Boogiepop Phantom」到底是都市中傳說的死神，還是正義的使者？
Boogiepop是女孩们之间传闻的神秘人物。“当一个人最美丽的时候，他会在他变得更加丑陋之前杀死他。” 然而，她的真实身份是名为宫下冬花的女高中生的另一个人格，据说当她感觉到周围有危险时，她会自动从宫下冬花身上显现出来。
夜里一声尖叫，在那一瞬间，世界发生了变化……或者至少看起来发生了变化。故事围绕一种名叫布吉波普的生物展开。Boogiepop，也被称为“死亡”，在城市中出没，无论何时你遇到它，她都会带你一起去。高中生 Nagi Kirima 似乎正在与 Boogiepop 作斗争——或者至少，她试图这样做。但随后到处都有失踪事件，奇怪的事情也时有发生。没有人看到它们之间的联系。在一片混乱和惊心动魄的恐惧中，凪试图找出发生了什么……以及为什么这一切还没有发生在她身上。