少女椿（松井良彦 配音）的母亲死于重病，没有亲戚愿意收留这个可怜的孩子，于是，椿跟随着卖花时结识的戴帽子的绅士来到了名为“赤猫座”的马戏团中，在这座破败荒芜的马戏团里进行表演的，都是一些或是残疾或是古怪的“异人”们，在这里，椿悲惨的遭到了他们的凌辱，沦为众人的奴隶，过着苦不堪言的生活。
马戏团里新来了一位能够将自己塞进狭窄玻璃瓶的侏儒魔术师，他的表演大受欢迎，很快就令快要倒闭的马戏团赚得盆满钵满，成为了老板眼中的聚宝盆。与此同时，椿和魔术师之间也产生了懵懂的感情，然而，就在两人决定双宿双飞之时，魔术师却遇见了意外一命呜呼。
《少女椿》是一部以马戏团为背景的动画电影。故事开始时，少女椿的母亲因病去世，而她没有亲戚愿意收留她，因此她成为了一个无家可归的孩子。在卖花时，她结识了一个戴帽子的绅士，这位绅士邀请她来到了名为"赤猫座"的马戏团。
赤猫座是一座破败荒芜的马戏团，表演者都是一些残疾或古怪的"异人"。椿在这里过上了苦不堪言的生活，成为众人的奴隶，遭受着凌辱和欺负。
然而，马戏团里来了一位新的表演者，他是一位侏儒魔术师，可以将自己塞进狭窄的玻璃瓶中。他的表演非常受欢迎，吸引了大量观众，使马戏团得以赚得盆满钵满，成为老板眼中的宝贝。
与此同时，椿和魔术师之间也产生了一种特殊的感情。两人决定一起逃离马戏团，寻找属于他们自己的幸福。然而，在他们决定要开始新的生活时，魔术师却发生了意外，不幸离世。
这个突如其来的悲剧使椿陷入了巨大的痛苦中，她失去了生活中唯一的依靠。电影通过展现椿的成长和痛苦经历，揭示了人性的脆弱性和残酷的现实。它同时探讨了爱、友谊和希望在逆境中的力量，以及人们如何面对生活中的困难和挫折。。