12 岁的埃金·阿里 (Ejen Ali) 被意外招募为间谍，现在他逐渐接受了自己在元先进战术机构 (MATA) 中的角色，以保护未来城市赛伯拉亚免受外部威胁。
15 年前，两名年轻女子阿莉亚 (Aliya) 和尼基 (Niki) 潜入货物禁区，为一位名叫麦亚 (Mak Yah) 的老妇人偷走了一颗人造心脏。回来后，他们受到支柱领导人的干预。阿莉亚试图逃跑，但被击败并陷入困境，她强行坚持尼基携带装备逃跑，而她则继续与领导人作战。
如今，载有贪婪的赛城市长拿督奥斯曼的飞机被四名全副武装的入侵者劫持。阿里带着 MATA 前来救援。入侵者的首领引爆了一枚炸弹，损坏了飞船。奥斯曼被弹出，入侵者逃脱。团队努力应对这种情况；阿里尝试校准飞机但失败了。两名新特工鲍比和菲特前来寻求帮助。鲍比救出了市长，菲特用新设备的超控模式（如 IRIS）稳定了飞机，这让阿里大吃一惊。随后阿里向阿里介绍了IRIS Neo，基于第一代IRIS Atlas和覆盖模式；每个特工都可以自由使用新原型，因为他怀疑自己原来的 IRIS 和 MATA 中的地位 据报道，Bobby 和 Fit 正在测试 IRIS Neo。晚上回到家，
第二天早上，艾丽西亚给在 Mamak Maju 的阿里打电话。巴卡尔也加入了他，他们在拉赫曼将军的盟友、老板拉胡尔、拉杰什和拉兹曼的帮助下秘密前往 MATA 总部。阿里向会议室报告，注意到奥斯曼透露他在塞巴亚定居期间建立了 MATA；每个特工“只为他服务”。拉马将军简要介绍了这次袭击的调查情况：从炸弹爆炸中回收的主要燃料是 Azurium，入侵者的装甲和武器不是 Cyberaya 的。拉玛通过从间谍那里收到的情报，下令对熊兄弟进行突袭，怀疑所涉及的武器是走私给他的。
巴卡尔试图抓住贝尔，但他带着武器逃跑了。阿里追赶他，突然三个人逮捕了贝尔。他们小组中的第三人尼基抢走了武器。熊逃跑了，阿里攻击了这群人作为回应，但尼基缩短了混战，骑着轻便摩托车逃跑了。阿里跟着她来到贫民窟，直到走进了死胡同。
后来，他在仓库中醒来，受伤了。尼基来看望他，事故发生后，尼基把他带到了她家。阿里在笔式驱动器上发现了相同的符号，并将其展示给尼基。尼基惊讶地认出他是她已故朋友阿利亚的儿子。双腿无力的她遇到了同样帮助她的人民“边缘”的阿莉亚。她与尼基联手对抗那些敢于攻击他们的人，并掠夺了他们使用的资源。Niki 描述了 Azureum 在医学、环境卫生、个人卫生和日常使用中的用途。阿里感到震惊的是，Cyberaya 没有人关心此事，他得知 Azureum 短缺。阿里与艾丽西亚和巴卡尔会面，并获悉贝尔被捕的消息。
在一次会议上，奥斯曼讨论了智能工厂新项目的进展情况，并要求按时完成工作。Bear 的审讯显示，经销商是 Vikram，一名运营官，与开发 Cyberaya 的重要人士合作。拉玛分配了一项新任务，秘密调查贝塔塔的非法活动。特工们潜入大楼进行调查。在此过程中，他们发现了一条秘密通道，通往一个非法囤积武器和资源的储藏室，阿里在那里发现了 Azureum 的秘密储藏室，并收集数据并向尼基透露。
回到边缘地带，阿里向尼基和她的伙伴透露了这一信息。他们破坏了安全；维克拉姆接到通知并用私人人员将他们逼入绝境。阿里的 IRIS 的覆盖模式帮助他们逃脱。在边缘艺术节，他遇到了 Mak Yah，Mak Yah 称他为阿利亚的“化身”，帮助人们恢复活力。他告诉尼基他被招募为特工，并因 IRIS Neo 而被排除在外。奥斯曼猛烈抨击支柱领导人和将军的“无能”。拉玛怀疑维克拉姆是拿督袭击的幕后策划者，这只会激怒他，他威胁要取代他们。他通报了关于发现维克拉姆囤积非法军械的“巢穴”的新情报，并指定该小组进行调查。阿里开始破坏任务：事先和 Niki 一起清理“巢穴”，第二天早上没有给特工留下任何东西。MATA开始因“未知”的破坏而风起云涌。
艾丽西亚观察阿里摩托车的轮胎痕迹，怀疑他的缺席和执行任务的借口。接下来，她打电话给阿里，透露了他的“盗窃行为”，他最初否认，但后来屈服了。当阿里透露他作为一个为自私的人工作的组织特工的沮丧，并离开这个地方时，她要求理由。被餐馆老板和鲍比拦截。
回到家后，他被特工跟踪。他试图摆脱他们并进入一家杂货店，在那里他被伪装的特工包围，而巴卡尔和他们一起要求阿里和他一起去。他不愿意加入，险些逃离了这个地方。他遇到了鲍比和菲特：前者追着他，直到城市地铁站。在那里，阿里试图登上火车，却搞砸了。在购物中心，他们发生了一场打斗，阿里将他击倒并逃跑，而艾丽西亚和菲特则继续追赶他。与此同时，Ali打电话给Niki寻求帮助，她建议他躲在Fringe，她会处理他们。最后，菲特在弗林奇的入口处拦住了他，并因为他帮助“罪犯”的暴行而对他进行了人身攻击。当巴卡尔和艾丽西亚赶来拯救阿里时，他甚至移除了阿里的虹膜。
巴卡尔介入并进行了激烈的争论，这给了阿里一些时间逃离一边。跟着他，他们一跨过入口就被困住了。尼基和她的伙伴们到达并击倒了他们每一个人。阿里目睹了这一切的残酷，并做出了反应。尼基拒绝了他，说他不应该为了少数人而放纵自己。阿里意识到尼基的极端，并发起攻击，她轻松获胜并击倒了尼基。
后来，他们在尼基的逗留中醒来，全都被俘虏了。他意识到入侵者和妮基本人（都穿着装甲服），她之前曾袭击过市长。她透露已经配置了 IRIS NEO，这是在战斗中从 Fit 抢来的，现在她可以访问其全部功能。她透露，她是从阿里送给她的U盘中得知IRIS的知识的：也就是说，最初的设备是由阿里的母亲阿莉娅创建的。尼基讲述几年前，当时被 MATA 支柱特工禁足，阿莉亚因为她的潜力而被邀请为他们工作，她同意了，从那天起尼基感到被背叛了，并开始靠自己帮助她的社区。几年后，她与伙伴一起潜入赛博亚的秘密防御设施并窃取资源时，启动了三枚导弹袭击了这座城市，当再次遇到MATA时，这一次是Aliya，后者试图阻止她。虽然尼基溜走了，但她亲眼目睹了阿莉亚的死亡，当时阿莉亚第一次使用虹膜超控并在半空中与导弹相撞，用尽了她的全部能量。尼基称她的牺牲对赛博亚来说“毫无用处”，因为她对自私的市长怀恨在心。
与此同时，在贫民窟里，维克拉姆在知道尼基是入侵者后，带着他的暴徒来到了贫民窟，并要求她报仇。她出现了，并使用 IRIS Neo 轻松击败了所有人。阿里被扣为人质后，受到巴卡尔的巩固，并在艾丽西亚的鼓励下使用他的“IRIS”逃跑，但他已经对自己对尼基的盲目信仰感到沮丧，并且没有信心阻止她。由于他对贫民窟的善意，麦亚找到他，并将 IRIS 归还给他，并嘱咐他不要忘记自己的真实身份，要尽到自己的职责。
在拿督在新工厂落成典礼上发表讲话期间，尼基横冲直撞，并把他扣为人质。她遇到了阿里和团队。更多新兵（佩戴新设备）以及拉玛将军和他的同伴前来寻求帮助；Niki 开始放松，当她的 IRIS Neo 转向超控时，每个佩戴者都被催眠，并开始遵循她的命令。在拯救市长的过程中，阿里的 IRIS 在人质紧急情况下超控，导致他的团队被禁足。他竭尽全力击败尼基，但被精神控制的甘兹和大阳削弱，并被尼基击倒。
阿里下意识地发现自己身处一个未知的地方，在那里他找到了他的母亲，母亲透露这个地方就是艾里斯的次元；每当 IRIS 超控时，阿里经常会遇到这样的情况，该设备将根据他母亲存储的数据进行工作，使用后不会在他的记忆中留下任何内容。阿里对这项新发明感到沮丧，但他坚信，伟大从来不是来自设备，而是用户及其决心。她还透露，如果阿里尝试访问覆盖模式，她存储的数据将被删除。起初，他听到真相后很崩溃，但后来阿丽娅坚定了他的信念，让他不至于失去勇气。现在，阿里控制了覆盖模式，并在拿督的攻击中明显击败了尼基，并最终摧毁了她的武器。他告诉她放弃，但尼基否认，并发起了自杀式的尝试，用她的套装炸毁阿祖鲁姆，杀死所有人。阿莉亚的本质被转移到尼基的虹膜中，她被困在维度中，阿莉亚将虹膜与她分开。事后，尼基对自己的疯狂感到后悔，但巴卡尔安慰了她。
几天后，报告市长康复情况；甘兹严厉斥责阿里对犯罪分子的地下支持。另一方面，大洋称赞阿里尽职尽责，但也失望地表示要对阿里进行惩罚，并正式宣布与原来的IRIS分离；Neo 项目因发现重大缺陷而被解散。阿里欣然同意，并发誓要在 MATA 中尽力而为，并提交了他的 IRIS。会面结束后，巴卡尔向阿里展示了他母亲在 MATA 服役的时刻。在最后一个视频中，巴卡尔向阿莉亚询问担任经纪人的理由，她回答道答复说有人帮忙，但都散了；MATA 需要这些，以便人们能够更加接近、相互了解并无私地为他人服务。第二天，阿里、他的父亲和他的朋友维克托参观了边缘艺术节。加扎利博士宣布了边缘区周边发展项目，承诺实现城市和乡村社区的可持续发展。晚上，阿里与他的团队在 Mamak Maju 举行了一场聚会盛宴，陪同的还有将军、他的朋友们和 Bobby-Fit。
在片尾彩蛋场景中，大杨将阿里的名字赋予了一个超级机器人，该机器人被称为新项目“Satria”。在片尾字幕中，阿里从餐厅离开后，里兹万和多斯一直在场，然后跟着他。