　该剧讲述了一个中共地下党员和一个国民党情报人员之间长达7年的“无间道”式故事。
　　许少清和刘永强是“三和无线电学校”同窗好友，分别服务于中共上海地下党和国民党军统局。他们各自表现出色，一次一次向组织提供了关键情报，为抗日战争的胜利立下功勋。
　　解放战争来临，让许少清和刘永强彼此成为未知的对手。他们机智地化解了一次又一次针对自己严厉审查，绝处逢生！终于有一天，他们怀疑对方就是自己千方百计要为组织清除的卧底。针锋相对，错综复杂，设下一个又一个陷阱，试图让对方显形。
　　辛晴是许少清的上线，也是他的爱人，可因为工作纪律的限制，他们始终向组织隐瞒着。为了挖出隐藏在内部的间谍，取得淮海战场的关键情报，辛晴违心地命令许少清和追求他的军统上司女儿章嘉雯结婚。但是辛晴却没想的，章嘉雯不久就怀孕了。
　　刘永强虽然潜伏在中共地下党内，却暗恋他的上司辛晴，可最终他为了防止自己身份暴露，设计杀害她。
　　上海胜利解放前夕，许少清和刘永强终于展开了殊死的较量。辛晴为了保护爱人、发出情报，牺牲了自己的生命。许少清斗智斗勇，战胜了刘永强，看到了新中国的曙光。
　　郭晓峰饰演的黄哲是个信仰坚定的共产党员，他长年领导我地下党同仁与敌特斗智斗勇，可惜终因叛徒告密而入狱，后英勇就义。

抗战时期，中共地下党员许少清和军统特工刘永强分别接受上级指令，潜入侵华日军担任卧底。经过长期潜伏，他们分别在汪伪和日本特高课中承担要职，依靠各自的技术才华和彼此的密切配合，使得“上海快车”行动获得成功，最终解除了日军对大后方的威胁，加速了日本的投降。抗战胜利后，许少清和刘永强又各自打入军统和中共地下党内部，国共双方为此展开了一场惊心动魄的查奸和反查奸大战。在隐蔽战线上，许少清和爱人辛晴坚守自己的信仰，忍辱负重，与敌周旋，辛晴甚至献出了自己年轻的生命。最终，许少清挖出了潜伏在地下党的特务刘永强，成功地获取了渡江战役和上海战役的关键情报，摧毁了国民党的特务组织，迎来了新中国的建立 [2] 。